يعتبر مجلس الشورى أعلى هيئة في الحركة بعد الجمع العام الوطني ويقوم مقامه بين الانعقادين، يرأسه رئيس الحركة وينوب عنه المنسق العام لمجلس الشورى.

ويتولى مجلس الشورى  مجموعة من المهام، من أهمها: 

1. متابعة سير الحركة وتنفيذ مقررات الجمع العام الوطني والمخططات والتوجهات أو الأولويات التي اعتمدها.
2. تقويم السير العام للحركة بناء على تقرير يقدمه المكتب التنفيذي.
3. اعتماد التخصصات وفق المبادئ والضوابط المنصوص عليها في ورقة الرؤية العامة للتخصص.
4. القيام بمناقشة واعتماد الخطط المرحلية والتوجهات والأهداف العامة للتنظيم العام والتوجهات الأساسية في التخصصات في إطار مخططات وتوجهات أو أولويات المرحلة والمصادقة، عند الاقتضاء، على البرامج والميزانية المركزية السنوية والتعاقد مع الجهات والتخصصات.